Den nordtyske orgelskole er betegnelsen på en stilretning inden for orgelmusikken som opstod i 1600-tallet og havde sin blomstringstid til frem mod midten af 1700-tallet.
Stilretningen voksede frem under indflydelse af nederlandske organister, specielt Jan Pieterszoon Sweelinck i Amsterdam. Særtræk ved den nordtyske skole er hyppige skift mellem manualerne og et meget selvstændigt pedalspil. En kraftig kvalitetsforbedring af nordtyske orgler igennem 1600-tallet og begyndelsen af 1700-tallet gjorde det muligt at spille på den måde. Kendte orgelbyggere i denne perioden var især Hans Scherer den ældre, Hans Scherer den yngre og Arp Schnitger.
Centret for stilen var omkring Hamburg: Lübeck, Bremen, Lüneburg og Stade, men der fandtes også udøvere i Sverige og Danmark: Melchior Schildt havde 1626-1629 tjeneste hos Christian IV som lærer for de kongelige børn på Dalum.